Il ne convient pas de comparer la connaissance scientifique et la connaissance traditionnelle comme de simples équivalents. Trop souvent, on se limite à tracer un parallèle entre la connaissance traditionnelle et la « science ». La science ne forme qu'une petite partie de la connaissance des Allogènes. De la même façon, en suggérant que la connaissance traditionnelle indigène n'est que l'équivalent de la science revient à diminuer à tort la force et la richesse du savoir indigène traditionnel. Alors que la pratique scientifique exclut généralement la perspective humaniste, la connaissance traditionnelle ne fait aucune distinction entre le savoir profane et le savoir sacré. C'est pourquoi, lorsque l'on suggère que la connaissance traditionnelle soit caractérisée comme « une science traditionnelle », on sous-estime sa richesse et sa valeur.

La tentation de comparer le savoir scientifique et le savoir traditionnel vient des personnes allogènes qui recueillent des connaissances traditionnelles comme s'il s'agissait d'artefacts, et ce sans tenir compte du contexte. Par exemple, les Inuits ont une compréhension beaucoup plus riche et subtile des caractéristiques de la glace et de la neige que les Allogènes. En fait, une partie de la classification des Inuits n'est accessible qu'en vertu de sa relation avec les activités et sentiments humains. En Amérique du Sud, certaines tribus indigènes ont un système de classification des arbres qui reconnaît de nombreuses espèces ignorées par la science, tout en paraissant ignorer des espèces évidentes que la science reconnaît. Là encore, les systèmes de classification reposent sur des séries différentes d'hypothèses, ce qui empêche toute comparaison directe. L'espèce qui semble avoir été omise par les peuples indigènes finit par être reconnue dans d'autres contextes pour les Indigènes. Les « extras » d'une perspective scientifique sont identifiés par les peuples indigènes soit parce que la science les a simplement omis, ou parce que des variantes écologiques ont autant d'importance pour les espèces génétiques d'un point de vue traditionnel. Ces comparaisons mènent parfois les praticiens des sciences à trivialiser à tort la connaissance traditionnelle.

Dans beaucoup de projets, le cours des activités et les décisions critiques à propos de ce qui doit suivre sont nettement influencés par l'information colligée, par la manière dont cette information est mise à la disposition des autres, par la manière dont elle est interprétée et, finalement, par la manière dont elle est communiquée aux décideurs et aux intervenants. La plupart des participants approcheront cette question avec un esprit ouvert et honnête, mais l'on constate souvent de grandes différences d'expériences et de provenances qui peuvent nettement affecter la façon dont l'information est traitée.

L'intégration de la science et de la connaissance traditionnelle requiert une appréciation de leurs différences. L'expérience démontre que beaucoup de peuples allogènes voient une relation d'égalité entre la science et les autres méthodes occidentales, comme dans la gestion des ressources. Cela est incorrect. La gestion selon un style allogène est souvent basée sur les découvertes scientifiques, mais ce n'est pas de la science. Les styles de gestion indigène et allogène sont beaucoup plus similaires. Pour illustrer les nettes différences entre la science (comme méthode de recherche pour acquérir la connaissance et la compréhension) et la connaissance traditionnelle (comme méthode d'acquérir la connaissance et la compréhension), on peut se reporter au tableau ci-dessous :

Tableau 1. Différences de style

Connaissance traditionnelle indigène	Science
L'état réel des choses	La meilleure approximation ou le meilleur modèle de travail
Combinaison du profane et du sacré	Profane seulement
Enseignement par le récit	Didactique, ou basée sur les leçons
Apprentissage par l'expérience	Éducation formelle
Souvenir oral ou visuel	Souvenir écrit
Intuitive	Analytique
Prédictions basées sur des indicateurs	Prédictions basées sur des données dans des modèles
Holistique (intégrée)	Réductionniste (sous-ensembles ou échantillons)
Subjective	"Objective"

Tableau 2. Différences d’utilisation

Connaissance traditionnelle indigène	Science
Longue acquisition d'informations	Acquisition rapide de données
Sagesse à long terme (extrapolation)	Prédictions à court terme (interpolation)
Puissante localement	Faible localement
Faible quant aux principes généraux sur une grande région	Puissante quant aux principes généraux sur une grande région
Basée sur les relations	Basée sur les données
Le niveau de travail est celui de l'observation à valeur ajoutée	Le niveau de travail est celui de l'hypothèse et de la théorie
Classification basée sur un mélange d'écologie, de relations génétiques et d'utilisations pratiques	Classification basée sur les relations génétiques seulement
Étudie et utilise la métaphysique	Exclut la métaphysique